Quando si parla delle chiese romane dell’Aventino, si pensa subito alla chiesa di Santa Sabina e forse si dimentica la chiesa di S. Saba che fu in origine un antichissimo monastero, risalente all'inizio del secolo VIII, che, secondo la tradizione, si insediò in una casa appartenuta alla famiglia materna di papa Gregorio Magno, a sua volta costruita su un preesistente edificio romano, probabilmente la caserma della IV Coorte dei Vigili.
Il monastero venne istituito da monaci greci basiliani che al loro cenobio dettero il nome di Cella Nova, in ricordo del larum novum, un monastero di Gerusalemme anch'esso dedicato a S. Saba, abate di Palestina, morto nel 532 e seguace della tradizione monatica di Sant'Antonio Abate.
Si trattava di monaci orientali, provenienti dalla comunità fondata a Gerusalemme da san Saba e in fuga dalla Palestina travagliata da guerre, stragi e dall'espansione islamica: preso possesso del sito, vi istituirono un monastero che acquisì rapidamente fama e prestigio.
Nel X secolo il monastero probabilmente fu abitato da monaci benedettini, i quali avrebbero costruito la prima chiesa al di sopra dell'oratorio, che passò invece ad accogliere le sepolture dei monaci. Il monastero non subì successivamente sostanziali trasformazioni fino al momento della ricostruzione romanica avvenuta intorno al 1145, quando il monastero fu concesso ai monaci di Cluny da papa Lucio II.
Agli inizi del secolo successivo il complesso fu affidato ai Cistercensi, quindi ai Canonici Regolari ed infine al Collegio germanico ungarico retto dai Gesuiti, ai quali tuttora è affidata la parrocchia.
L'accesso avviene attraverso un bellissimo protiro posto in cima ad una gradinata.
L'interno della chiesa è a tre navate, divise da 24 colonne appartenenti ad edifici pagani, e concluse da tre absidi; la navata centrale, che risulta essere il doppio di quelle laterali, è illuminata da una serie di otto finestre che si aprono su entrambi i lati. Nell'abside vi sono, oltre alla sedia episcopale, ornata da un grande disco con mosaici cosmateschi, anche il ciborio, sorretto da quattro colonne in marmo nero venato di bianco, e gli splendidi affreschi del 1575. Esiste, inoltre, una sorta di quarta navata sul lato sinistro sulle cui pareti sono ancora visibili gli affreschi del secolo XIII.
